Fils de paysan, il est né à Vého, près de Lunéville en 1750. Il étudie dans un collège jésuite à Nancy, devient le curé d’Emberménil, puis enseigne à l'école jésuite de Pont-à-Mousson. En 1783, il est couronné par l'académie de Nancy pour son Éloge de la poésie, et en 1788 par celle de Metz, pour son Essai sur la régénération physique et morale des Juifs. Élu en 1789 par le clergé du bailliage de Nancy aux États Généraux, il se fait connaître comme faisant partie du groupe des députés légaux et cléricaux du jansénisme ou des sympathies gallicanes qui soutiennent la Révolution française.
Il est l'un des premiers membres du clergé à rejoindre le Tiers état et contribue notamment à l'union des trois ordres (en particulier, il favorise l'union du Tiers État et du bas-clergé). Il préside la session qui dura 62 heures pendant que le peuple prend la Bastille en 1789, et tient un discours véhément contre les ennemis de la Nation. Il contribue à la rédaction de la Constitution civile du clergé et est bientôt considéré comme le chef de l'Église constitutionnelle de France.
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À l'Assemblée Constituante, il réclame non seulement l'abolition totale des privilèges mais aussi le suffrage universel. Il multiplie ses écrits favorables aux Noirs et contribue au vote de l’abolition de l'esclavage, à la reconnaissance des droits civils et politiques accordés aux Juifs (décret du 27 septembre 1791).
Nommé évêque constitutionnel de Blois en 1791, il est élu à la Convention. Réélu député à la Convention par le département de Loir-et-Cher, il s'occupe de la réorganisation de l'instruction publique, entreprend une grande enquête sur les « patois » et condamne la déchristianisation. En 1795, il crée avec les évêques constitutionnels Saurine et Debertier, ainsi qu'avec des laïcs, la Société Libre de Philosophie Chrétienne, qui a pour but de reprendre les études théologiques arrêtées à cause de la Révolution, de lutter contre la déchristianisation et contre la théophilanthropie et le culte de l'Être Suprême. L'organe de cette société est le journal Annales de la religion, journal gallican et virulent qui est supprimé par Bonaparte à la suite du Concordat. Il œuvre aussi à la réhabilitation de Port-Royal-des-Champs en publiant, en 1801 puis en 1809, Les Ruines de Port Royal des Champs, qui mettent en valeur les vertus des religieuses jansénistes et des Solitaires. Cet écrit contribue à la naissance du mythe de Port-Royal comme foyer intellectuel et de résistance à l’absolutisme.
Sous le Directoire, il s'efforce de réorganiser l'Église constitutionnelle. Il organise avec les évêques constitutionnels deux conciles nationaux, en 1797 et 1801, pour tenter d'organiser une véritable Église gallicane. En 1802, il devient sénateur et tente de s'opposer à la signature du Concordat. Exclu des fonctions publiques sous la Restauration, il est élu député de l'Isère en 1819, ce qui entraîne la fureur des ultra-royalistes qui le font chasser de la Chambre des députés. De même, son élection à l'Académie Française est refusée pour cause de républicanisme. Il fait abolir l'esclavage, qui est rétabli par Napoléon Bonaparte, puis à nouveau aboli par le décret du 27 avril 1848 de Victor Schœlcher.
Pendant l'Empire et sous la Restauration, il écrit de nombreux ouvrages, notamment une Histoire des sectes en deux volumes (1810). Il fait partie, au Sénat, des rares opposants irréductibles à Napoléon. Il décède à Paris à l'emplacement actuel du 44 boulevard Raspail. Le jour de son décès, l'archevêque de Paris – le très légitimiste Monseigneur de Quélen – s'oppose à ce qu'il reçût les derniers sacrements ; il exige de Grégoire sa renonciation au serment de la Constitution civile du clergé. Le vieil évêque refuse tout net. L'abbé Guillon, malgré les ordres de sa hiérarchie, accepte d'accéder sans condition aux désirs du mourant. L'autorité romaine ferme l'église à sa dépouille, mais rassemblées autour de La Fayette, deux mille personnes accompagnent le corps de l'évêque gallican au cimetière Montparnasse.
Ses cendres sont transférées au Panthéon le 12 décembre 1989, à l'occasion des fêtes du bicentenaire de la Révolution française, le même jour que Monge et Condorcet.
Source : wikipedia.org
